Ténor et haute-contre à la française, Serge Goubioud découvre le chant en 1989 à l’Ensemble Vocal de Nantes auprès de Paul Colleaux. Il suit, pendant deux ans, la formation du Studio Baroque de Versailles dirigé par Rachel Yakar et Philippe Lénaël au Centre de Musique Baroque.
Il fait ses débuts sur scène avec l’ensemble XVIII-21 de Jean-Christophe Frisch dans Les Indes Galantes de Jean-Philippe Rameau au Festival de Dijon. En août 1995, il chante et joue L’Amfiparnassio de Vecchi avec l’Ensemble Doulce Mémoire aux Festivals d’Anvers et d’Utrecht. Sous la baguette d’Hervé Niquet, il interprète les rôles de haute-contre dans Le Roi Arthur de Purcell en version scénique. L’année suivante, Jean-Claude Malgoire le fait participer à Alceste de Lully puis lui confie le rôle de l’Evangéliste dans La Passion selon Saint Jean de Bach.
En septembre 1997, il interprète les rôles d’Ecuba et de Ilioneo dans Didon de Cavalli, dirigé par Christophe Rousset au Festival d’Ambronay, rôle qu’il reprendra à l’Opéra Comique en décembre 1997.
En février 1998, il interprète le Sultan dans Les Pélerins de la Mecque de Gluck à l’Opéra de Montpellier et de Caen avec Les Arts Florissants dirigés par William Christie. En mars 1998, il chante les airs de ténor de La Passion selon Saint Jean de Bach à la Chapelle Royale du Château de Versailles, sous la direction de Ton Koopman. Lors de la saison 1998-1999, Jean-Claude Malgoire lui confie les rôles de premier homme d’arme et de premier prêtre dans La Flûte Enchantée de Mozart, au Théâtre des Champs Elysées, suivie d’une tournée nationale.
En juillet 1999, il interprète les rôles de haute-contre dans Didon de Henry Desmarest, en version concert au Festival de Beaune avec Les Talens Lyriques dirigés par Christophe Rousset.
Il participe également à de nombreux enregistrements discographiques.